2024-03-29T06:51:52Z
https://nagoya.repo.nii.ac.jp/oai
oai:nagoya.repo.nii.ac.jp:00007574
2023-01-16T03:52:27Z
320:321:322
Physicochemical properties of amino acid sequences of G-proteins for understanding GPCR-G-protein coupling
GPCR-G タンパク質共役機構を理解するためのGタンパク質アミノ酸配列の物理化学的性質
Ghimire, Ganga D.
ギミレ, ガンガ D
Imai, Kenichiro
今井, 賢一郎
Akazawa, Fumitsugu
赤沢, 史嗣
Tsuji, Toshiyuki
辻, 敏之
Sonoyama, Masashi
園山, 正史
Mitaku, Shigeki
美宅, 成樹
open access
GPCR
G-protein
signal transduction
proteomics
bioinformatics
Gタンパク質
シグナル伝達
プロテオミクス
バイオインフォマティクス
A G-protein binds to a G-protein-coupled-receptor (GPCR) by physical interactions between the amino acid sequences. Various physical properties of possible binding regions at the C-and N-termini of the α subunits of G-proteins were analyzed in order to classify the four families of α subunits; α s, α i/o, α q/11 and α 12/13, as well as the eight subfamilies. The distribution of the charge density and the hydrophobicity of 100 residues at the C-terminus enabled discrimination of the four families of α subunits, whereas the same physical properties of the 60 residues at the N-terminus enabled discrimination of the subfamilies.
Gタンパク質は物理的相互作用によってGタンパク質共役型受容体と結合する。そして、その結合は両者のタンパク質のアミノ酸配列によって発現している。 Gタンパク質における結合領域はC端およびN端にあり、その物理化学的性質を解析し、Gタンパク質のαサブユニットの4ファミリー(α s, α i/o, α q/11, α 12/13)およびそのサブファミリーを分類する方法を開発した。 C端の100残基の解析によって、αサブユニットの4ファミリーを分類できること、さらにN端の60残基の解析を行うことでサブファミリーの分類できることが分かった。Gタンパク質という結合相手の物理的性質についての情報を得たことを基に、Gタンパク質共役型受容体の分類予測法の可能性を議論した。
Chem-Bio Informatics Society
2006
eng
journal article
VoR
http://hdl.handle.net/2237/9277
https://nagoya.repo.nii.ac.jp/records/7574
http://www.cbi.or.jp/cbi/CBIj/vol6/6_1-J.pdf
http://www.cbi.or.jp/cbi/CBIj/vol6/6_1-E.pdf
1347-6297
Chem-Bio Informatics Journal
6
1
1
16
https://nagoya.repo.nii.ac.jp/record/7574/files/6_1-J.pdf
application/pdf
145.1 kB
2018-02-19
https://nagoya.repo.nii.ac.jp/record/7574/files/6_1-E.pdf
application/pdf
349.4 kB
2018-02-19